Na Karmeli existovala i bratrská škola (č. p. 73/II.), která v té době svou úrovní předčila i jiné městské školy – katolickou, kališnickou či židovskou. Kromě jiných jazyků se tu vyučoval i český jazyk a absolventy ústavu nacházíme později jako studenty protestantských univerzit zejména v Heidelbergu a v Ženevě.
Po bitvě na Bílé hoře (roku 1620), která přinesla zkázu Jednotě bratrské, byl klášter opět přiřknut řádu karmelitánů, ale už v roce 1633 jej opět získali Minorité. V 17. a 18. století byl komplex opravován (čtyřkřídlý konvent kolem lichoběžníkového dvora byl dokončen v roce 1767). V roce 1784 museli Minorité klášter opustit a jejich místi zaujali kosmonoští piaristé, kteří sem přestěhovali své gymnázium i kolej z Kosmonos. Piaristé řídili gymnázium až do roku 1862, kdy školství připadlo do kompetence státu. V roce 1868 bylo zahájeno vyučování v nové budově gymnázia na Komenského náměstí (dnešní budova 1. ZŠ).
Za období působení řádu piaristů (1784 do 60. let 20. století) byl zde v klášteře umístěn rozsáhlý archiv gymnázia a bohatá knihovna, která obsahovala několik vzácných prvotisků inkunábulí (označení používané pro nejstarší tištěná díla pocházející z Evropy z časového období mezi vynálezem knihtisku, tj. tisku s pohyblivými literami (kolem roku 1450 a koncem 15. století).
V roce 1862 přešlo školství do kompetence státu. Klášterní kostel pak sloužil ještě dlouho bohoslužbám pro žactvo středních škol a přebývali v něm někteří členové řádu, kteří působili na školách jako učitelé a profesoři. Posledním sídlícím mnichem – piaristou byl na Karmeli Cyril Žampach, který zde žil až do 60. let 20. Století. Učil náboženství a spravoval gymnaziální knihovnu v klášteře (obsahovala až 6000 svazků). Dnes je uložena ve Státním okresním archivu v jedné z věží boleslavského hradu. Část nejvzácnějších tisků byla ještě náhodně objevena při rekonstrukci kláštera v roce 2006, a to v jedné z místností pod dřevěnou podlahou.